И если в первой части основной задачей создателей было ознакомление зрителей с героями, то в «Гоголь. Вий» сюжет закручивается с невероятной скоростью, становясь динамичнее. Персонажей на стороне зла становится больше, а с положительных героев зло все больше испытывает на прочность. Атмосфера мрачной и глухой деревни сохраняется, а среди тонов основными по-прежнему можно выделить темно-серые и синие в лучших традициях готики.

Небогатый английский картограф Джонатан Грин, влюбленный в дочку знатного лорда, повздорил со своим потенциальным тестем. Единственным возможным выходом из сложившейся ситуации для Джонатана оказывается путешествие в  Восточную Европу. Он намерен совершить переворот в картографии - убрать множество белых пятна с карты, и тем самым заслужить расположение своего потенциального тестя.  Во время своего путешествия о возлюбленной, которая осталась на далекой Родине, англичанин не забывает. Он регулярно шлет ей романтические письма голубиной почтой. Письма эти зашифрованы по системе Леонардо Да Винчи. Впрочем, старый лорд без труда прочитывает их и с каждым разом проникается к молодому человеку все большим доверием. Надо сказать, это очень трудно, ведь Джонатан описывает довольно дикие истории. Про удивительную страну Малороссию, про ведьму-панночку, уже год как лежащую в гробу в запертой церкви после того, как ее попытался отпеть студент-философ Хома, который,  кстати, сгинул черт знает куда. Про крылатых казаков и  про некого гигантского кальмара, названного Вием, с огромными веками, множеством глаз, который наводит ужас на население.